Para crear a Shadow, el Profesor Gerald Robotnik se basó en un robot llamado Gizoid (más tarde lo llamarían Emerl) qué encontró en una tienda. Examinándolo descubrió que era muy antiguo y que tenía grandes poderes. El Profesor Gerald, además, tenía a su nieta María que era muy amable, por lo que la llevó a la colonia espacial donde realizaba sus experimentos. Su propósito era crear un ser perfecto que diera esperanza a la humanidad, tras años de estudio creó a Shadow. Hay una versión en la cual
Black Doom cuenta al erizo en el juego
Shadow The Hedgehog que el Prof. Gerald Robotnik lo creó con la sangre del mismísimo
Black Doom por eso tienen los mismo colores de pelo negro y vetas rojas. Esta versión parece ser cierta.
Pero ocurrió algo inesperado. Varios soldados del ejército G.U.N. entraron en la colonia espacial ARK y empezaron a destruir todo (debido a órdenes de sus superiores), María huyó hasta la base donde se encontraban las cápsulas de Shadow y Gizoid, ella tiró de una palanca ubicada cerca suyo y las cápsulas salieron justo a tiempo, pero en ese preciso momento un soldado le dispararía tratando de evitar la fuga.
Se sabe que la cápsula de Shadow fue encontrada y llevada a Isla Prisión, la de Gizoid tardaría más en ser encontrada, y no por cualquier persona.
Gerald terminó en la cárcel, un año después se enteró de la muerte de su nieta y desde la prisión en que se encontraba (casualmente la que estaba Shadow), de alguna forma llenó la cabeza de Shadow con supuestos verdaderos recuerdos de haber vivido toda su vida con María en la colonia.
Pero otra versión dice que los recuerdos de Shadow si son reales y Maria murió como él recuerda. Él amaba a María por eso la recuerda tanto, esto se puede notar en el juego Shadow The hedgehog en el episodio The Doom como destruye una unidad Heavy Dog al recordar a María.
Más tarde (50 años después), una vez liberado, Shadow trabajaría para el Dr. Eggman con el secreto propósito de vengar a María (a quien creía haber visto morir), pero al final decide proteger la Tierra pensando en que eso es lo que le pediría María. Shadow lo descubre y se enfrenta a la forma de vida perfecta prototipo 3, llamado Bio-Lizard, un enorme lagarto biónico creado por el Profesor Robotnik, capaz de usar las Esmeraldas Chaos.
Cuando parecía que éste había sido vencido por Shadow, el Bio-Lizard utiliza el Chaos Control para fundirse con la Colonia Espacial ARK, fusionándose con el cañón de la colonia espacial y dirigiéndose a la Tierra, cuyo impacto daría una gigantesca explosión.
Debido a esto, Sonic y Shadow con uso de las Esmeraldas Chaos pasan a sus respectivas "Super Formas" y se enfrentan al nuevo Bio-Lizard, quien ahora se llama FinalHazard. Shadow, al sobrepasar sus límites cae a la atmósfera del planeta y se da a entender que muere.
Más tarde, en la historia de Sonic Heroes, Rouge encuentra una cápsula de la antigua base del Doctor Eggman.
En dicha cápsula está Shadow, que gracias a la gravedad espacial sobrevivió al impacto y el Dr. Eggman lo puso en estado latente y lo regeneró con el fin de crear muchos más como él.
Sorprendida, Rouge decide abrir la cápsula, pero también activa a un robot llamado E-123 Omega que empieza a disparar a Shadow. Rouge detiene la pelea entre ambos y propone a los tres que vayan en busca de Eggman (Rouge para buscar su tesoro, Shadow para resolver sus dudas y Omega para vengarse de Eggman por haberlo desactivado), luego descubren que Eggman había hecho copias robóticas de Shadow, además de una nueva versión de Metal Sonic.
La historia continuaría en el juego Sonic Battle, cuando descubre que Emerl (Gizoid) es una máquina bélica que fue la que originó la creación del original, y trata de destruirla.
Sus intentos de terminar con Emerl son malinterpretados por Sonic y compañía que creen que está trabajando para Eggman. Más tarde, al descubrir que Emerl podía dejar de lado sus poderes destructivos, le da la última Esmeralda Chaos y activa el código "Devolver la esperanza a la humanidad", código que había instalado el Prof. Gerald Robotnik. Después de eso, al igual que los demás, ayudaría a Emerl para que se volviera más fuerte. En el nuevo juego Sonic Chronicles: The Dark Brotherhood se descubre que la raza de los Echidna fueron los creadores de los Gizoid.
Posteriormente, en el juego Shadow The Hedgehog, Shadow no recuerda quién es, cuál es su pasado, etc. Solo recuerda su nombre y unas imágenes de su supuesto pasado en los que está corriendo con María en la estación espacial ARK.
Mientras, un general malévolo del espacio de nombre Black Doom llega a la Tierra con su ejército de alienígenas llamados Black Arms. Black Doom se acerca a Shadow diciéndole que tiene que cumplir un trato, llevarle las misteriosas Esmeraldas del Chaos para poder conquistar el mundo.
El jugador decide a qué bando irse, si hacer buenas acciones, ser un rebelde, o destruir la tierra para ayudar a Black Doom y a su ejército. En el final real Shadow decide olvidar todos sus falsos recuerdos de María y la colonia y mirar hacia el futuro. En el final del juego se revela que Shadow es el Shadow original y no un clon como muchos fans pensaban. Eggman le dice que uno de sus robots lo salvó cuando al final del Sonic Adventure 2 él se estrelló contra la Tierra, luego Eggman lo guardó en una cápsula donde fue liberado por Rouge anteriormente en el Sonic Heroes.
Más tarde aparece en
Sonic The Hedgehog con su propio lado de la historia donde su principal enemigo es
Mephiles The Dark. En ese juego las acciones de Shadow son más heroicas pero no deja de ser violento, sin embargo comienza a considerar a Sonic un aliado después que lo salva de ser asesinado por
Silver The Hedgehog. Su personalidad es solitario,serio,callado y poco sociable,hasta el punto de ser considerado el personaje más neutral de la saga de Sonic.
